员工工伤三年后辞职，若无特殊约定通常无补偿。但依据《劳动合同法》，若双方协商一致解除合同，用人单位应支付经济补偿。不及时处理可能导致劳动者权益受损，影响劳动关系和谐。
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工伤后辞职补偿看协商。具体操作：1. 与用人单位沟通，协商补偿事宜，达成一致则签订协议；2. 协商不成，收集证据，如劳动合同、工伤认定等，向劳动仲裁委申请仲裁；3. 对仲裁结果不满，可向法院提起诉讼，依法维权。
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员工工伤三年后辞职的处理方式有协商和法定两种。优先选择与用人单位协商，协商不成可依据《劳动合同法》等法律法规申请劳动仲裁或诉讼，以维护自身权益。