男方有基因缺陷，建议咨询遗传专家并采取相应措施。根据《民法典》等相关法律，若男方基因缺陷可能影响子女健康，需考虑医学干预。《民法典》规定父母对子女有抚养教育义务，若未采取措施可能导致子女遗传疾病，需承担相应责任。
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可通过医学手段规避风险，如试管婴儿等。选择处理方式时，应考虑医学建议、双方意愿及经济条件。若基因缺陷严重，建议优先考虑医学手段确保子女健康。
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建议就医咨询。具体操作：1. 双方进行基因检测，明确基因缺陷情况；2. 咨询遗传专家，评估风险及可能的干预措施；3. 根据专家建议，选择适合的生育方式，如试管婴儿等辅助生殖技术；4. 孕期定期检查，确保胎儿健康。