农业户口不能作为不缴公积金的理由。根据《住房公积金条例》，单位应为职工缴纳公积金，与户口性质无关。分析：该条例规定，单位录用职工的，应当自录用之日起30日内到住房公积金管理中心办理缴存登记，并持住房公积金管理中心的审核文件，到受委托银行办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，由住房公积金管理中心责令限期办理。提醒：若单位拒绝为农业户口员工缴纳公积金，且经沟通无果，可能表明单位存在严重违法情况，应及时向住房公积金管理中心举报。
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处理方式：法律角度：对于单位不缴纳公积金的情况，员工可以通过向住房公积金管理中心投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式维护自身权益。选择建议：首先尝试与单位沟通解决，无果后可向住房公积金管理中心投诉，必要时可申请劳动仲裁或提起诉讼。投诉和仲裁相对快捷，诉讼则更具法律约束力。
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具体操作：1. 与单位沟通：明确表达自身权益，要求单位按法律规定缴纳公积金。2. 向住房公积金管理中心投诉：提交相关证据，如工资单、劳动合同等，证明单位未缴纳公积金。管理中心将进行调查并作出处理。3. 申请劳动仲裁：若投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求单位补缴公积金并承担相应法律责任。4. 提起诉讼：若仲裁结果不满意，可向法院提起诉讼，通过司法程序维护自身权益。在诉讼过程中，需准备充分证据，如仲裁裁决书、相关证明材料等。请注意，在处理此类问题时，务必保留好相关证据，以便在必要时使用。