工厂违规开除或罚款的合法性需视情况。依据《劳动合同法》等，若违反厂规且制度合法，则罚款可能合法；若无违规或制度违法，则不合法。不及时处理可能导致员工权益受损，引发劳动纠纷。
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工厂违规处理应对：1. 确认是否违规及厂规合法性，如无违规或厂规违法，可拒绝接受罚款或开除。2. 与工厂沟通协商，尝试解决纠纷，或寻求第三方调解。3. 若协商无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，或提起诉讼，维护自身合法权益。
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处理工厂违规开除或罚款问题，常见方式有协商、调解、仲裁、诉讼。应先尝试协商或调解，无法解决时再选择仲裁或诉讼，以维护自身权益。